• Все побочные квесты в игре создаются вручную, и их насчитывается 70 штук (8 сюжетных и 62 побочных).
• Введённая в игру Химера старается выходить на дистанцию атаки незамеченной и убегает, если замечена жертвой до этого.
• Введённый в игру Бюрер активно использует телекинетические способности, бросая в игрока предметы и даже пытаясь вырвать у него из рук оружие.
• Монстры наиболее активны ночью, а сталкеры — днём.
• Сталкеры ищут артефакты, а хищные монстры охотятся на травоядных.
• Будет значительное разнообразие новых NPC (некоторые из них созданы по лицам создателей игры)
• Перед выбросом сталкеры пытаются спрятаться в укрытиях, что может приводить к стычкам между ними.
• После выбросов расположение аномалий меняется.
• Ночью гораздо темнее, чем в предыдущих частях игры.
• Расстояния между зданиями, холмами, дорогами и другими реалистичными объектами в Зоне значительно увеличены, приближаясь к реальным масштабам.
• Интерфейс игрока существенно переработан.
• Комплекты брони разделены на две составляющие: шлем (или противогаз) и всё остальное.
• Убрана «война группировок», игрок, как и в первой части, не может вступить ни в одну из них.
• Численность группировок и вообще сталкеров в Зоне уменьшена.
• Пять не встречавшихся ранее игровых локаций, из которых три приблизительно 1,5?1,5 км размером, а две — подземные. Первая локация, «Затон» — холмистая местность в районе пересохшего русла реки с различными сельскохозяйственными сооружениями. Вторая локация, «Завод „Юпитер“» — урбанистический пейзаж. Третья локация, «Припять» — не центральная часть города Припять, воссозданая по спутниковой карте и фотоматериалам GSC.